一、准备工作
先确认网页访问、网络与浏览器设置，再开始操作使用网页挂载版前，建议先确认当前浏览器可以正常访问 miR Designer 页面，并允许弹出新标签页。否则 Thermo、NCBI Record 和 BLAST 跳转都可能打不开。
1. 打开网页挂载版
直接访问 https://mir-designer.haverlun.com 即可开始使用，无需本地启动服务。
2. 确认网络
本软件依赖外部站点检索和跳转。若网络受限，最常见的影响是：变体加载慢、Broad 没返回、Thermo 或 BLAST 页面打不开。
3. 建议的演示路径
第一次培训时，最稳妥的顺序是：TP53 示例 → 选 transcript → Broad → Thermo 对照 → BLAST。
二、图 1：首页输入区
这一屏负责把用户引入 Gene 模式或 Direct Sequence 模式让用户先在左侧输入基因符号和物种，然后点击 Load Variants 载入 RefSeq transcript 集合。
如果只是教学，建议直接点击 Load TP53 Example，这样能稳定进入后续页面。
如果用户手里已经有 CDS 或 transcript 序列，可以跳过基因检索，直接在 Sequence Intake 区域操作。
图 1A：初始首页
原始截图，标注的是第一页最重要的 8 个入口位置。
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说明：上方的 A / B / C 是流程步骤；截图里的 1-8 和下方图注对应的是界面位置编号。
输入标准基因符号，例如 TP53、EGFR。建议使用官方基因名，不要混用别名。
选择 Human、Mouse 或 Rat。后续 NCBI transcript 检索和 BLAST 过滤都会跟着这个物种走。
点击后向 NCBI 拉取该基因的 RefSeq transcript variants，并在右侧生成 Summary 与 Variant View。
一键加载 TP53/human 示例。培训、测试、录屏都建议从这个按钮开始。
这里会持续提示“正在加载”“加载成功”“请求失败”等状态。出现问题时先看这里，再排查网络或接口。
用于粘贴已有 nucleotide sequence。适合用户已经拿到 CDS 或 transcript，不想先走 gene lookup 时使用。
直接把输入序列送到 Broad 设计链路，右侧会立即出现候选 target 列表。
复制输入序列并打开 Thermo 页面。这是 Direct Sequence 模式下通往 Thermo 的手动分支入口。
三、图 2：加载 transcript variants 并查看列表
这一屏告诉用户当前 gene 一共有多少个 RefSeq transcript 可用于后续设计系统会查询 NCBI 并在右侧展开 Transcript Summary 和 Transcript Variant View。
Summary 用来判断变体总数、NM/XM 组成和最长转录本；Variant View 用来挑选具体 accession。
每一行都带有 Open NCBI 和 Download Full Record (.gb) 两个原始数据入口。
图 2A：Transcript Summary + Variant View
这张图主要用于讲“如何理解 transcript 列表”。
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显示当前基因的物种、变体总数、NM/XM 数量、最长 transcript，以及 NCBI Gene 外链。
这里列出所有 RefSeq transcript variants。每一行都是一个可以点击的 accession 行。
点击任意一行，就会把该 transcript 设为当前 active target，并在下方解锁操作按钮。
打开该 accession 的 NCBI 页面。适合用户确认标题、版本、注释状态等原始信息。
直接下载该 transcript 的 GenBank 记录，方便做留档、复核或发给其他同事。
四、图 3：选中 transcript 后的操作按钮
这是标准工作流的分叉点：Broad、Thermo、NCBI Record重要：必须先点击一行 transcript，下面这一组按钮才会显示。虽然列表载入后会自动有默认 active accession， 但在 UI 上真正显示操作区，还是以“用户点击某一行”为触发。
图 3A：Selected Variant Actions
这是用户从 transcript 列表进入真正设计流程的关键一步。
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这里会显示当前被选中的 accession、长度和标题。用户可以在这里确认自己没选错 transcript。
推荐的主流程入口。点击后软件会用当前 accession 的 CDS 去跑 Broad，并在下一屏展示候选 targets。
适合走 Thermo 人工设计分支。软件会复制 CDS、打开 Thermo 新标签页，并把序列保留到当前页面工作区。
如果用户要再次确认 transcript 的完整记录，可直接从这里打开 NCBI 页面，不必回到列表行里找。
五、图 4：Broad Auto Design 结果页
这一屏负责筛选 Broad 候选、排序、挑选 target 并同步到 BLAST 工作区系统会把当前 transcript 的 CDS 发送给 Broad，返回候选 target 列表。
通常先按 Intrinsic Score 从高到低看，再结合 GC、Start Pos.、Existing Clone 做判断。
系统默认会把当前选中的 Broad target 自动放入后面的 BLAST Input Workspace，便于继续验证。
图 4A：Broad 设计结果与候选列表
图中显示的是当前 transcript 的 retained candidate targets。
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最上方会显示当前来源 accession、retained candidate 数量，以及当前展示条数。
切换按分数、起始位点、目标序列或 Existing Clone 来排序。培训时建议先保持默认的 Intrinsic Score。
控制升序 / 降序。默认用 Descending 最符合“先看高分候选”的习惯。
给某个 Broad candidate 打勾后，它会成为当前 target，并自动同步到下面的 BLAST 区域。
如果用户切换了 target，点这个按钮可以再次把当前 target 强制同步到 BLAST 工作区。
这里是最核心的结果：候选 target sequence、Oligo Design，以及是否已有 Existing Clone。
六、图 5：Thermo Candidate Cross-check 与 BLAST Workspace
这一步把 Thermo 的人工设计结果拉回本软件做交叉核对和 BLAST 验证本软件打开 Thermo 之后，用户在 Thermo 页面里继续操作；返回本软件时，把候选表格行粘贴到 Thermo 输入框。
系统会用 exact target-sequence overlap 去比对当前 Broad 候选集和 Thermo 粘贴结果。
如果 Broad target 已同步过来，直接点击 BLAST；如果是 Thermo 序列，则一行一个粘贴到 BLAST 输入框再点击 BLAST。
图 5A：Thermo 对照 + BLAST 工作区
这一屏适合讲“如何把外部 Thermo 结果拉回本系统验证”。
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把 Thermo 候选输出粘贴到这里。支持形如 rank start sequence region gc 的行格式。
执行 Broad / Thermo exact overlap 比较。结果会显示匹配数量、Broad Score、Start Pos. 等信息。
清空当前 Thermo 粘贴内容，方便重新贴入另一批候选。
这里会告诉用户：共解析了几条 Thermo candidates、当前 Broad 集合有多少条、两边 exact-overlap 命中了几条。
这是当前 BLAST 工作区绑定的 transcript。培训时应提醒用户：先确认 accession 没错，再继续 BLAST。
设置 BLAST 的物种过滤条件。通常应与最初 Gene Intake 中的物种保持一致。
这里接收 Broad 自动同步过来的 target，或由用户手工粘贴的一行一条 Thermo 序列。
点击后会打开新的 NCBI BLAST 标签页，并把当前 target sequences 预装进去。
七、图 6：Direct Sequence 快捷流程
适合“用户已经有序列，只想直接设计”的场景这条路径完全跳过 transcript lookup。你不需要先输入 gene symbol，也不需要先选某个 accession；只要粘贴序列即可。
建议使用纯 nucleotide sequence。系统会自动清理空格、换行和非 A/C/G/T/U 字符。
右侧会直接生成 Broad candidates，并把当前选中的 target 放到 BLAST 工作区。
点击 Copy Sequence + Open Thermo，软件会复制当前序列并打开 Thermo 页面。
图 6A：Direct Sequence 模式
这张图同时展示了左侧输入序列和右侧 Broad 返回结果。
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把已有序列粘贴到这里。图中演示的是 51 nt 样例序列。
直接执行 Broad 设计，不再依赖 NCBI transcript 检索。
复制序列并打开 Thermo，适合直接序列来源的手工设计场景。
右侧会显示 retained candidate 数量和排序后的候选列表，操作逻辑与图 4 相同。
八、常见问题与讲解建议
给培训老师、交付同事和支持人员使用为什么点了 Load Variants 没反应？
- 先看首页状态区是否显示请求错误。
- 刷新当前网页后重试一次。
- 检查当前网络是否能访问 NCBI。
为什么看不到 Selected Variant Actions？
- 需要真正点击一行 transcript。
- 如果只加载了列表但没点行，下方操作区不会显示。
为什么 Thermo / BLAST 没打开？
- 多数情况是浏览器拦截了新标签页。
- 请允许当前页面弹窗，然后重试对应按钮。
Broad 结果太多时怎么教用户选？
- 先按默认的
Intrinsic Score看前几条。 - 再结合
GC、Start Pos.、Existing Clone做筛选。
Thermo 对照区支持什么格式？
- 一行一个候选。
- 推荐格式：
rank start sequence region gc。 - 例如：
1 714 ACTCCTTAGCTTGATTGAGTA ORF 38.1。
给最终用户的最佳引导话术
- 先用 TP53 示例跑一遍全流程，让用户建立整体心智模型。
- 第二次再换成用户自己的基因或序列。